正确处理医疗事故的赔偿问题的方法是患者或其亲属与医疗机构进行协商处理，协商不成的，当事人可以向医疗机构所在地的卫生行政部门提出调解申请，调解不成或是结果不满意的也可以向法院提起诉讼解决纠纷。
一、
如何正确处理医疗事故的赔偿问题
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
第四十八条
已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。
经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行;调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。
二、
医疗事故赔偿要考虑什么因素
找法网提醒您，医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
1.医疗事故等级；
2.医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
3.医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
《中华人民共和国医疗事故处理条例》第四十九条
医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
(一)医疗事故等级；
(二)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
(三)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
三、
医疗事故纠纷诉讼费用一般是多少
为方便当事人诉讼，降低诉讼费用，国务院重新出台了《诉讼费缴纳办法》，医疗纠纷案件属于人格权的案件，根据诉讼请求的赔偿数额，按照下列比例分段累计交纳：
基础费用为每件交纳100元至500元，涉及损害赔偿，赔偿金额不超过5万元的，不另行交纳；超过5万元至10万元的部分，按照1%交纳；超过10万元的部分，按照0.5%交纳。
在立案起诉的过程中，按照我国诉讼法的规定，首先由原告方预先交纳诉讼费的。按照民事诉讼法的规定，诉讼费由败诉的一方承担。所以，原告方在缴纳诉讼费时是预先缴纳，待判决下来后，由法院区分责任，按照责任比例分担诉讼费。